El principio de jurisdicción universal es una aportación de juristas españoles en el desarrollo del debate que suscita Bartolomé de las Casas por los crímenes, hoy llamados de lesa humanidad, cometidos por algunos españoles en América. Diego de Covarrubias es el primero en sostener en su Practicarum quaestionum (Salamanca, 1556) que el autor de algunos delitos muy graves puede ser perseguido en el Estado donde los comete y también en el que se refugia, quien debe detenerlo y extraditarlo o juzgarlo él mismo. En la célebre controversia de Valladolid (1550-1551), Covarrubias apoyó a De las Casas frente a Ginés de Sepúlveda, quien sostenía que los indios no tenían derechos y se les podía someter a los más crueles tratos impunemente. Carlos V, y antes Fernando el Católico, respaldaron a De las Casas.

La deshumanización de la víctima es respecto del delito contra la humanidad lo que la ausencia de tribunales respecto de la impunidad, una premisa. Crímenes sistemáticos y generalizados fueron cometidos entre 1933 y 1945 por un Estado cuyos jueces juraron lealtad al führer Hitler y al partido único, mientras cerraban a las víctimas las puertas de los tribunales. En España, tropas insurrectas apoyadas por el führer y el duce Mussolini ocuparon el 1 de abril de 1939 el Tribunal Supremo, expulsaron a la magistratura profesional subordinada a la Constitución y la reemplazaron por jueces que prestaran juramento incondicional al caudillo y a los principios del partido único.

En la actual Alemania, todos los poderes (Ejecutivo, Parlamento, tribunales) han terminado por condenar el "delito legalizado" (gesetzliches Unrecht) del anterior régimen; las leyes de 25 de agosto de 1998 y del 23 de julio de 2002 aprobaron "eliminar" las sentencias injustas dictadas a partir del 30 de junio de 1933 por jueces que, al pronunciarlas, participaban en "crímenes del Gobierno" (Regierungskriminalität) y "la impunidad objetiva entonces reinante".

En España, en 1985, una nueva ley del Poder Judicial estableció que los jueces son "independientes, inamovibles, responsables y sometidos solamente a la Constitución y al imperio de la ley". Antes, el 30 de abril de 1977, se incorporó al sistema legal el Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos de 1966, cuyo artículo 15 (2) admite la aplicación retroactiva de la ley penal a los delitos contra los "principios generales del derecho reconocidos por la comunidad internacional".

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Al ratificar convenios como los de Ginebra de 1949 y otros, los Estados de las Naciones Unidas (entre ellos España) han asumido el deber de perseguir en sus tribunales internos los crímenes de guerra bajo los principios de la jurisdicción universal absoluta, es decir, cualquiera sea el país donde han sido cometidos, la nacionalidad de la víctima y del autor o el país donde éste se encuentra al iniciarse el proceso.

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Aplicar el derecho internacional por tribunales nacionales independientes e imparciales forma parte, también, de las relaciones internacionales, no sólo el envío de tropas, y es incomparablemente menos gravoso en recursos humanos, financieros y eventuales consecuencias no deseadas.

En conclusión: no resisten el análisis los motivos que se dan para tratar de acabar precipitadamente con la jurisdicción universal en España.