El crecimiento de las protestas sociales, la apertura exterior y la diversificación de las formaciones opositoras tuvo una traducción en la política represiva de la dictadura. Fue, sobre todo, tras 1962 cuando el régimen hubo de abordar la reforma de las leyes represivas. En 1959 se había promulgado una nueva Ley de Orden Público y en 1960 un decreto-ley contra actividades terroristas, pero la nueva legislación no resolvía el hecho de que los denominados delitos contra la seguridad interior del Estado fueran encomendados a la jurisdicción militar. En efecto, todavía estaba vigente la Ley de 1940 para la represión de la masonería y del comunismo que tipificaba como rebelión militar los delitos anteriores. Durante los primeros meses de 1963 más de un centenar de activistas de la oposición, sobre todo del FLP y del PCE, fueran sometidos a consejos de guerra sumarísimos. En otros casos los opositores eran enjuiciados por un tribunal de actividades extremistas o por juzgados especiales para delitos de propaganda ilegal. Esta anómala situación, unida al escándalo internacional asociado al caso Grimau, condujo a que en mayo de 1963 el Gobierno de Franco aprobara la creación del tristemente famoso Tribunal de Orden Público (TOP). Varios centenares de españoles pasaron por las salas del TOP hasta 1976. Entre 1969 y 1975 las sentencias anuales del TOP superaron las trescientas, alcanzando el medio millar durante los últimos tres años de la dictadura. A partir de la creación del TOP la jurisdicción militar quedó reducida a los delitos de terrorismo. Por ejemplo, tres meses después del fusilamiento de Grimau eran sometidos a consejo de guerra y ajusticiados mediante el horroroso garrote vil los anarquistas Delgado y Granados, acusados de la colocación de unos explosivos. De hecho, los años centrales del decenio de los sesenta (hasta 1968) fueron los únicos de la trayectoria del régimen de Franco libres de procesos políticos ante la jurisdicción militar.

Otro expediente represivo era la suspensión de artículos del Fuero de los Españoles y la consiguiente declaración del estado de excepción. Con motivo del estado de excepción de enero de 1969 cerca de un millar de españoles fueron detenidos o deportados. La aplicación de esta medida fue bastante frecuente en el País Vasco durante la última década de la dictadura. La represión no sólo se limitaba a la de carácter policial, pues otras instituciones del régimen como la Organización Sindical desposeyeron de sus cargos a miles de representantes sindicales.

No obstante, desde los años sesenta hubo una graduación de las medidas represivas. Por ejemplo, las actividades de los movimientos sociales de carácter obrero o estudiantil no podían conducir en todo momento a la prisión. Por otro lado, la política represiva empezó a distinguir entre las formaciones opositoras tolerando, en muchos casos, la actividad de las más moderadas. Esta graduación represiva permitió el paso desde la clandestinidad a la mera ilegalidad, controlada policialmente. Esta evolución llevó a que el profesor Linz estableciera una distinción entre oposición ilegal, oposición alegal y semioposición. Sin embargo, hubo un recrudecimiento de la represión entre 1967 y 1973, período que coincidió con el apogeo del poder del almirante Carrero Blanco. Durante esos años no fue infrecuente, por ejemplo, que manifestaciones o huelgas acabaran con varias víctimas mortales.